《水利水运工程学报》（双月刊）创刊于1979年，由国家水利部主管，南京水利科学研究院主办，是面向国内外水利、水运工程行业公开发行的学术性刊物，并已加入《中国学术期刊(光盘版)》和“中国期刊网”;(ChinajournalNet).《水利水运工程学报》主要报道水利水电、水运、海洋和土木建筑等工程的规划、可行性研究、设计、科研、施工、监理和管理等众多方面的新理论、新技术、新方法和新成果。读者对象为从事水利、水运工程建设事业的广大科技工作者及有关院校的师生。

《水利水运工程学报》获水利部优秀科技期刊。